в папке amazon s3 - это не то, что вы даете URL-адресу.фактически он создает папку на основе URL и того, почему вы хотите использовать php, тогда как вы можете cli.вы можете загрузить несколько файлов таким образом, т.е. для каждого файла вы можете запустить команду cli, например:
s3cmd put source / source1.txt target / target1.txt