Вы не можете сделать Matlab переносимым. (Чтобы быть полностью уверенным, вы можете обратиться к лицензионному соглашению вашей установки Matlab)
Коммерческие лицензии, как правило, не позволяют вам изменять
приложение каким-либо образом или распространять его.
Источник: http://portableapps.com/development/beginner_packaging
Создание переносимого приложения считается «изменяющим» его.
В случае, если вам нужно сделать другое приложение переносимым, пусковая установка PortableApps может сделать эту работу.
Кроме того, вы можете воспользоваться портативной альтернативой Matlab, которая называется FreeMat.