Не храните свои проекты в / Developer. Это принадлежит Xcode, и если вы не будете осторожны, вы можете в конечном итоге удалить все при установке обновления. Создайте свой собственный каталог для своего кода, и он будет работать.
Вы упомянули, что не хотите перемещать свои проекты, потому что боитесь испорченных ссылок на файлы. В большинстве случаев это не должно быть проблемой, поскольку ссылки на файлы по умолчанию являются относительными. Иногда вы можете найти абсолютный путь там, но легко исправить поврежденную ссылку - файл будет выделен красным цветом, поэтому просто выберите файл, откройте панель инспектора файлов и нажмите маленькую кнопку окна Finder рядом с имя файла. Вы сможете выбрать новое местоположение. Это даже работает для нескольких отсутствующих файлов; просто выберите целую группу из них, затем нажмите кнопку «Окно Finder», чтобы выбрать папку, содержащую отсутствующие файлы.
<-- Это кнопка окна Finder, о которой я говорю.
Как только вы это сделаете, пропущенные ссылки на файлы будут разрешены. Я бы сказал, что перенос ваших проектов был бы полезен только для этой цели - он поможет вам очистить все те абсолютные пути, которые вы намеревались относить.
Если вы не хотите играть по этим правилам, вам просто придется жить без рефакторинга. Сожалею; так оно и есть. Папка Developer предназначена для хранения инструментов разработчика, а не собственного кода. В папке / Developer есть сценарии удаления, которые удаляют всю папку. Это действительно не очень хорошее место для вашего собственного кода.