Вполне возможно объединить Dojo и веб-фреймворк Java. Приложение моей компании использует как Dojo, так и Spring MVC. Эти две технологии решают разные проблемы. Dojo - это клиентская структура для управления компонентами пользовательского интерфейса (виджетами), AJAX-запросами и предоставления независимой от браузера абстракции поверх JavaScript и DOM. Spring MVC - это серверная среда, которая получает запросы от браузера, обеспечивает точки входа в бизнес-логику на стороне сервера и направляет поток страниц через приложение.
Сказав это, существуют другие веб-фреймворки Java, которые перекрывают некоторые функции, которые также предоставляются такими инструментами JavaScript, как Dojo. На ум приходят JSF с ICEfaces или RichFaces. В этих моделях сервер (Java) имеет более прямой контроль над тем, как компоненты отображаются и как сохраняется их состояние. Например, одна из явных целей RichFaces - помочь разработчикам, которые не знают JavaScript (или не хотят его писать), разрабатывать AJAX-приложения. Но я бы не сказал, что один подход лучше другого. Они просто ориентированы на разные аудитории разработчиков.