Flash не может отображать PDF-файлы, поэтому на сервере потребовалось бы немало работы для динамического анализа и построения формы в flex.
С макушки головы:
Конвертер PDF в Flash, вероятно, создает изображения или форматированный текст, отображаемый в собственном ридере?
1) Форма загрузки пользователя.
2) Сервер анализирует форму с использованием библиотеки PDF для получения списка полей (сохраненных в БД)
3) Приложение Flex создает форму, которую необходимо заполнить, сохранить в БД
4) Сервер заполняет поля формы с помощью библиотеки PDF и сохраняет для загрузки.
Надеюсь, это поможет ...