Под источником вы подразумеваете файлы FLA и AS или файлы HTML и JS? Для проектов HTML, да, все ваши файлы HTML и JS будут видны пользователям в упакованном приложении. AIR в основном просто копирует их в каталог установки пользователя и запускает их. Но для приложений на основе Flash / Flex файлы FLA и AS не должны распространяться, только SWF.
Если в каталоге приложения отображаются FLA и т. Д., Вы захотите изменить способ экспорта. Детали зависят от того, публикуете ли вы данные из Flash, FB или из командной строки, поэтому, если вы не можете их найти, обновите свой вопрос, указав сведения о том, что вы используете.