Порядок элементов в AC_CONFIG_FILES () не влияет на порядок сборки. Если вы используете automake, который, как я полагаю, используется, он будет проходить по вашему дереву каталогов в том порядке, в котором вы перечисляете каталоги в каждом списке SUBDIRS Makefile.am.
При этом у вас должен быть порядок элементов в AC_CONFIG_FILES (), отражающий порядок сборки для согласованности / ремонтопригодности.
Пример того, как ваш подчиненный файл Makefile.am должен построить в нужном порядке:
SUBDIRS = csv gtkworkbook src
Кроме того, для этого простого случая вам не нужны как AC_CONFIG_FILES (), так и AC_OUTPUT (). Вы можете передать каталог со списком в AC_OUTPUT ():
AC_OUTPUT([
Makefile
src/Makefile
gtkworkbook/Makefile
csv/Makefile
])