Я видел блог об этом на http://www.jroller.com/andyl/entry/p2_is_my_best_friend
Похоже, это связано с тем, как создается репозиторий p2 для 3.5.
В вышеприведенном блоге есть несколько комментариев о том, как исправить / обойти проблему. Я вижу вас в списке разработчиков для mylyn-mantis, поэтому вам может помочь один из обходных путей.
Удачи!
- Скотт