MSMQ имеет дополнительный компонент для интеграции с AD.Простая установка на компьютере, являющемся членом домена, не обязательно выберет эту опцию.Запустите установку снова и убедитесь, что выбрана интеграция AD.(У меня нет машины 2008 R2, с помощью которой можно было бы точно указать, как называется эта опция).
Если опция выбрана, проверьте журналы событий на наличие ошибок.Обычно проблема безопасности при создании необходимых объектов AD.
Cheers
John Breakwell