У меня странная проблема с определением mpi_type_contiguous и последующим использованием mpi_gatherv.Тип определяется как:
type glist
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for int version:
! integer :: iref , biref
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
real(8) :: rvar
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for buggy version:
integer :: ciref
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
end type glist
Код, как он сейчас, не работает.Если бы я прокомментировал integer :: ciref, это бы сработало.То же самое верно, если я прокомментирую real(8) :: rvar вместо этого и раскомментирую два других целых числа integer :: iref, biref.
Это означает, что ошибка зависит как от размера типа данных, так и только в том случае, если real(8) втам.Если у меня есть один real(8) и два int, он снова работает.
Код рассчитан на работу с 3 потоками (!).Я работал с openmpi и gfortran (mpif90).Нет специальных флагов компиляции и выполнения с mpirun -np 3 filename.Если бы кто-то мог запустить его с помощью mpich или скомпилировать его с помощью ifort или чего-то еще, что было бы интересно, чтобы выяснить, откуда возникла проблема.
--- EDIT ---
Platinummonkeyниже предлагается использовать mpi_type_struct, но он все равно не работает.Если я сделаю sizeof(glist) с glist, как указано выше, я получу 16 в качестве ответа вместо 12.
--- / EDIT ---
Заранее спасибо за вашу помощь.
Полный код (не волнуйтесь, некоторые из них могут быть проигнорированы)
module mod_glist
type glist
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for int version:
! integer :: iref , biref
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
real(8) :: rvar
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for buggy version:
integer :: ciref
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
end type glist
contains
subroutine sof_glist(sof)
implicit none
integer, intent(out) :: sof
type(glist) :: dum
integer :: val
val = 0
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for int version:
! val = kind(dum%iref) + kind(dum%biref)
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
val = val + kind(dum%rvar)
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for buggy version:
val = val + kind(dum%ciref)
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
sof = val/kind(0)
write(*,*) 'Size in bytes, integers: ', sof, val
end subroutine
end module mod_glist
program test_mpi_gatherv
use mpi
use mod_glist
implicit none
integer :: err, np, tp, nglout, i, j, nglin, sofgl, mpi_type_glist
type(glist), dimension(:), allocatable :: gl, glcom, glsave
integer , dimension(:), allocatable :: glsize, nglinv, nglinp
integer(kind=mpi_address_kind) :: ii, ij
call mpi_init(err)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world, np, err)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world, tp, err)
tp = tp + 1
call sof_glist(sofgl)
call mpi_type_contiguous(sofgl, mpi_integer, mpi_type_glist, err)
call mpi_type_commit(mpi_type_glist, err)
call mpi_type_get_extent(mpi_type_glist, ii, ij, err)
write(*,*) 'extend: ', ii, ij
allocate(glsize(np), nglinv(np), nglinp(np))
glsize(1) = 5
glsize(2) = 4
glsize(3) = 3
glsize(4:np) = 0
allocate(gl(glsize(tp)))
j = 1
do i = 1,tp-1
j = j+glsize(i)
enddo
do i = 1,glsize(tp)
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for int version:
! gl(i)%iref = j
! gl(i)%biref = -j
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
gl(i)%rvar = real(j,8)
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!uncomment line below for buggy version:
gl(i)%ciref = -j*10
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
j = j+1
enddo
do i=1,np ! setting up stuff can be ignored
if(i.eq.1)then
if(tp.eq.i)then
nglinv(1) = 0
nglinv(2) = 2
nglinv(3) = 3
nglinp(1) = 0
nglinp(2) = nglinv(1) + nglinp(1)
nglinp(3) = nglinv(2) + nglinp(2)
nglin = nglinv(1) + nglinv(2) + nglinv(3)
allocate(glcom(nglin))
nglout = 0
else
if(tp.eq.2)then
nglout = 2
allocate(glcom(nglout))
glcom(1) = gl(1)
glcom(2) = gl(3)
elseif(tp.eq.3)then
nglout = 3
allocate(glcom(nglout))
glcom(1) = gl(1)
glcom(2) = gl(2)
glcom(3) = gl(3)
endif
endif
elseif(i.eq.2)then
if(tp.eq.i)then
nglinv(1) = 3
nglinv(2) = 0
nglinv(3) = 2
nglinp(1) = 0
nglinp(2) = nglinv(1) + nglinp(1)
nglinp(3) = nglinv(2) + nglinp(2)
nglin = nglinv(1) + nglinv(2) + nglinv(3)
allocate(glcom(nglin))
nglout = 0
else
if(tp.eq.1)then
nglout = 3
allocate(glcom(nglout))
glcom(1) = gl(2)
glcom(2) = gl(4)
glcom(3) = gl(5)
elseif(tp.eq.3)then
nglout = 2
allocate(glcom(nglout))
glcom(1) = gl(2)
glcom(2) = gl(3)
endif
endif
elseif(i.eq.3)then
if(tp.eq.i)then
nglinv(1) = 0
nglinv(2) = 2
nglinv(3) = 0
nglinp(1) = 0
nglinp(2) = nglinv(1) + nglinp(1)
nglinp(3) = nglinv(2) + nglinp(2)
nglin = nglinv(1) + nglinv(2) + nglinv(3)
allocate(glcom(nglin))
nglout = 0
else
if(tp.eq.1)then
nglout = 0
allocate(glcom(nglout))
elseif(tp.eq.2)then
nglout = 2
allocate(glcom(nglout))
glcom(1) = gl(1)
glcom(2) = gl(4)
endif
endif
endif ! end of setting up stuff
if(i.eq.tp) allocate(glsave(nglin))
! debug output
call mpi_barrier(mpi_comm_world, err)
write(*,*) i, tp, nglout, nglin
call mpi_barrier(mpi_comm_world, err)
if(i.eq.tp) write(*,*) i, nglinv, nglinp
call mpi_barrier(mpi_comm_world, err)
! end debug output
call mpi_gatherv(glcom, nglout, mpi_type_glist, glsave, nglinv, nglinp, mpi_type_glist, i-1, mpi_comm_world, err)
if(allocated(glcom)) deallocate(glcom)
enddo
! debug output
call mpi_barrier(mpi_comm_world, err)
do i = 1,nglin
write(*,*) tp, i, glsave(i)
enddo
! end debug output
call mpi_finalize(err)
end program