Нет, не помещайте эту строку
TERM = xterm-256color
в .Xresources.Попробуйте запустить emacs с помощью этой команды:
TERM = xterm-256color emacs
и, если все в порядке, поместите эту строку в файл .bashrc или .bash_profile:
alias emacs = 'TERM = xterm-256color emacs'
После этого вы можете выполнить emacs с обычным cmd 'emacs' и получить нормальные цвета в редакторе.