По умолчанию emacs выберет вертикальное или горизонтальное разделение в зависимости от размера вашего терминала.
Если вы хотите, чтобы emacs помещал файлы рядом, независимо от ширины вашего терминала, добавьте это в ваш .emacs:
(setq split-width-threshold 0)
Если вы хотите, чтобы emacs помещал файлы один над другим, независимо от того, насколько короток ваш терминал, добавьте это в ваш .emacs:
(setq split-height-threshold 0)