OS X на самом деле не имеет значения.
Ваш дескриптор приложения изменился по формату после AIR2.0. Самый простой способ проверить это - создать новый проект AIR 3, проверить xml дескриптора приложения для этого приложения и сравнить его с вашим.Вы легко найдете различия.
Версию среды выполнения AIR (как сказал lukevanin) можно прочитать из
NativeApplication.nativeApplication.runtimeVersion
Затем вы можете публиковать так же, как и раньше (экспортная сборка выпуска-> выбрать сертификаты и т. д.)