В MIDI-файле каждое событие имеет дельту в «галочках» с момента последнего события. Чтобы облегчить работу с MIDI-файлами, NAudio ведет промежуточный итог, сохраняя значение в AbsoluteTime. Смысл этого зависит от дельта-тиков на четвертную ноту (это свойство класса MidiFile) и темпа (MIDI-файлы должны включать хотя бы один TempoEvent).
При прослушивании MIDI-событий с устройства значение AbsoluteTime созданного MIDI-события будет равно 0. Однако вы можете использовать свойство TimeStamp объекта MidiInMessageEventArgs, которое, как я считаю, находится в миллисекундах с момента вызова MidiInStart.