В появившемся окне нужна ссылка на главное окно. Таким образом, в конструкторе всплывающего окна вы примете ссылку на главное окно и сохраните ее до необходимости.
В главном окне вы можете написать метод update (), который можно вызвать из всплывающего окна и заставить главное окно перерисовать себя соответствующим образом. Например:
PoppedUpWindow win = new PoppedUpWindow(this);//this is the main window
и в появившемся окне:
MainWindow mainWin;
JButton btn;
public PoppedUpWindow(MainWindow mwin){
mainWin = mwin;
btn = new JButton("Click to Update");
btn.addActionListener(new ActionListener(){
public void actionPerformed(ActionEvent e){
mainWin.update();
}
});
}