Почему вы хотите изобрести велосипед? Eclipse Web Tools Platform уже предоставляет эту функциональность.
Для развертывания на удаленном сервере вы можете выбрать опцию «Экспорт / Web / WAR-файл» в контекстном меню вашего проекта, как показано ниже, и экспортировать его непосредственно в папку смонтированного удаленного хранилища tomcat / webapps, как показано ниже.
Если монтирование удаленной файловой системы невозможно, вам, вероятно, придется использовать задачи ant или maven для публикации своего файла войны.