Инструкция File принимает путь к локальной системе, на которой вы компилируете.SetOutPath используется для установки целевого каталога во время выполнения:
Section
ReadEnvStr $R0 "QT_PATH"
# Might be a good idea to validate the path here and fall back to some other location if necessary
SetOutPath "$R0\bin"
File "c:\myinstallersourcefiles\QtCore4.dll"
...
или путь в локальной системе: File "$%QT_PATH%\bin\QtCore4.dll"