Не думаю, что у меня есть хороший ответ для вас, но у меня есть собственный опыт. Исходя из того, что я вижу на вашей иллюстрации, вы не используете Ubuntu / GNOME, поэтому мой ответ может вас не удовлетворить.
Подобные вещи - это баланс между базовой ОС и приложением. Например, в Ubuntu (GNOME, pre-Unity), на мой взгляд, нет ничего удовлетворительного, кроме изменения общей темы (GNOME). В моем случае, хотя мне нравится тема Ubuntu по умолчанию, я нахожу, что не вижу (то же самое, что вы показываете) адекватно, пока не прибегну к Clearlooks. И поэтому я перестал пытаться исправить это давным-давно с помощью настроек Eclipse и просто всегда придерживался этой темы.
Может быть, это поможет вам или кому-то еще.