Да, компилятор как таковой на самом деле является обычным Java-приложением (за исключением того, что он обычно имеет собственный встроенный модуль запуска, но это не обязательно).
Так что вы можете легко запустить его в апплете или в GAE.
Однако это не очень поможет, потому что если вы хотите запустить произведенные классы, вам нужно поиграть с ClassLoader
экземплярами, которые не разрешены в (без знака) Апплеты и, вероятно, не разрешены в GAE.