(угадывая ответ)
первая версия WPF называлась WinFX и, вероятно, была отдельным проектом в организации MS.
Когда WinFX присоединился к .Net Framework, MS, вероятно, захотела сохранить ранее определенные пространства имен для совместимости с существующей работой.
Позже были добавлены новые классы, и MS решила использовать пространство имен с правильным именем (NetFX - это .Net Framework).