Если оба установлены, все, что вам нужно сделать, это запустить скрипт, используя соответствующий бинарный файл PHP.
Так, например:
// Runs using the PHP binary located at /usr/bin/php
* * * * * root /usr/bin/php -n "/path/to/script.php"
или
// Runs using the PHP binary located at /var/php5
* * * * * root /var/php5 -n "/path/to/script.php"
Все, что вам нужно знать, - это полный путь к файловой системе бинарных файлов PHP CLI, и вызвать соответствующий для запуска вашего кода.