Поэтому, отвечая на мой собственный вопрос, я смог сгенерировать артефакты для вызова веб-службы из списка xsd, но не смог использовать их при вызове веб-службы.
Так что мне пришлось сгенерировать XML вручную, повезло, что это был маленький вызов.
String input="XML";
byte[] s = port.processEnvelope(input.getBytes());
И так как ответ пришел в xsd: base64Binary, мне пришлось преобразовать входящую строку в объекты xml для обработки ответа.
String xmloutput = new String(s,"UTF-8");
Затем я поставил xmloutput через jdom, я получил свои данные.
В общем, глупый способ реализовать веб-сервис.