Агент SQL Server проверяет, выполняется ли уже задание, перед началом новой итерации. Если у вас есть долго выполняемое задание, и его расписание подходит, оно будет пропущено до следующего интервала.
Вы можете попробовать это сами. Если вы попытаетесь запустить уже запущенное задание, вы получите сообщение об этом.