Я предполагаю, что вы работаете с текстовыми файлами, так как вы упомянули поиск количества строк.
Вот одно из решений:
fid = fopen('your_file.dat','rt');
nLines = 0;
while (fgets(fid) ~= -1),
nLines = nLines+1;
end
fclose(fid);
Используется FGETS для чтения каждой строки, считая количество прочитанных строк. Обратите внимание, что данные из файла никогда не сохраняются в рабочей области, они просто используются в условной проверке для цикла while.