Не думаю, что это действительно проблема, связанная с кодом, но так как я здесь:
Определенно используйте mp4, он работает на всех ваших желаемых платформах.
Определенно придерживайтесь JWPlayer, я использую его для потоковой передачи на Интернет и iPhone.
Чтобы уменьшить размер файла и использовать автономное кодирование, используйте ручной тормоз http://handbrake.fr/
Используя это программное обеспечение, вы увидите некоторые предварительные настройки для устройств iDevices, включая вывод файлов iPhone и iPod mp4 / m4v. Недавно была выпущена новая версия программного обеспечения, поэтому она может включать в себя предустановку для iPad.
Лично у меня есть предустановка 720x400, которая отлично работает на iPod touch 2ndGen и iPhone.
К сожалению, один файл не подходит для всех ваших целевых платформ. Однако с JWPlayer вы можете настроить его с переключением битрейта таким образом, чтобы наилучшая из возможных версий различных видеофайлов доставлялась на целевую платформу:
http://www.longtailvideo.com/support/jw-player/jw-player-for-flash-v4/27/bitrate-switching
JWPlayer также будет поставлять браузеры с поддержкой Flash и HTML5.