Создайте класс, который реализует javax.servlet.Filter. См. Основы фильтров
Основным методом является doFilter, которому передаются объекты ServletRequest, ServletResponse и FilterChain. Вот где вы применяете аутентификацию.
Затем объявите свой фильтр в web.xml и сопоставьте фильтр следующим образом (сопоставляется с каждым запросом)
<filter>
<filter-name>Authentication Filter</filter-name>
<filter-class>
com.nfsdsystems.security.filters.AuthenticationFilter</filter-class>
</filter>
<filter-mapping>
<filter-name>Authentication Filter</filter-name>
<url-pattern>/*</url-pattern>
</filter-mapping>