DirectX.Capture внутренне использует DirectShow и создает цепочку фильтров для захвата видео. Это просто оболочка для DirectShow.
К сожалению, вам нужно прочитать о DirectShow, чтобы понять, как он работает.
Если вам нужно обработать кадры, вам нужно написать Transform Filter для DirectShow и вставить его в граф DirectShow между вашим фильтром захвата и вашим фильтром записи файлов.
Если вы не знаете DirectShow, вы не поймете, о чем я говорю. Найдите в Google «DirectShow» и найдите несколько хороших учебников.