Мало что может защитить ваш код от обратного инжиниринга. Работа на сервере скрывает код, делая его максимально безопасным, запутывание все еще защищает его довольно хорошо, но не полностью, и это имеет некоторые другие риски. WinRT позволяет вам писать собственный код, который немного сложнее реконструировать, чем код .NET, но только незначительно . С другой стороны - если ваше приложение написано в неминифицированном javascript - вы в основном отправляете свой исходный код, и у вас даже нет xap-файла для распаковки - просто посмотрите в C: \ Program Files \ WindowsApps и есть папка для вашего приложения, где хранятся все файлы, которые вы видите в Visual Studio.
Тогда вы можете посмотреть на эти варианты и решить, что будет работать лучше для вас. В конечном счете, хотя - выбор между WinRT и Silverlight - это выбор платформы - приложения WinRT будут работать только на Windows 8 и (мы можем предположить), возможно, на следующей версии Windows Phone, которая, по крайней мере изначально, ограничит вашу целевую аудиторию. Я не слышал о возможности продавать приложения Silverlight через Магазин Windows, если только вы не ориентируетесь на Windows Phone, где это единственный вариант (это и XNA - оба на основе .NET).
Если ваш клиентский код действительно является уникальной интеллектуальной собственностью - вам лучше защитить его патентами и законом об авторском праве, чем запутывать и компилировать.