Вы используете Maven? Если это так, я думаю, что Хадсон (или Дженкинс) будет использовать конфигурацию плагина maven, чтобы определить, какие классы исключать. Вы просто настраиваете набор выражений RegEx, которые хотите исключить из инструментария. Аналогично примеру ниже:
<plugin>
<groupId>com.atlassian.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-clover2-plugin</artifactId>
<configuration>
</includes>
<excludes>
<exclude>**/*Test/java</exclude>
[...]
</excludes>
[...]
</plugin>
Надеюсь, это поможет вам ...