Удалите стандартную библиотеку Eclipse JUnit из вашего пути сборки.
Если вы используете maven, добавьте JUnit в качестве зависимости, указанной после JMockit в pom. Если вы не используете maven, добавьте ваш junit.jar в свои библиотеки после jmockit jar.
Вам нужен только аргумент javaagent в панели запуска, если вы используете Java 1.5. Java 1.6 может обойтись без него.