Если я правильно понимаю, ваш вопрос на самом деле касается служб WCF, размещенных на IIS, верно?
IIS контролирует пул приложений, в котором работает ваша служба WCF. Это означает, что IIS может решить перезапустить ваш пул приложений и все приложения / службы в нем. Тогда ваш сервис снова активируется только после вызова клиентом. Таким образом, нельзя полагаться на планирование в службах WCF или приложениях ASP.NET.
Картина, конечно, изменится, если вы сможете самостоятельно разместить службу WCF. Тогда пул приложений IIS не будет учитываться, и вы сможете планировать его по своему желанию. Поэтому, если вам нужна комбинация планирования WCF +, лучше всего создать службу Windows, которая будет включать оба варианта.