Вы убедились, что аутентификация Windows включена в вашем приложении asp.net, а не в формах?
Убедитесь, что ваш файл web.config настроен с:
<authentication mode="Windows"/>
<authorization>
<allow users="*"/>
</authorization>
Вы, вероятно,в вашем приложении для режима проверки подлинности по-прежнему установлен режим проверки подлинности с помощью форм, и поэтому функциональность форм включается.
Также не забудьте настроить любые вложенные файлы web.config, если у вас есть вложенные папки вваше заявление.