Нет, Lync SDK не дает вам возможности маркировать стандартного клиента. Единственный способ сделать это - запустить Lync в режиме Supressed UI и предоставить пользовательский интерфейс самостоятельно - это будет огромный объем работы, поскольку вам потребуется эффективно переписать весь Пользовательский интерфейс Lync.
Если вы гуру Win32, вы, возможно, сможете что-то сделать с некоторыми низкоуровневыми вызовами API Windows, но я не уверен, насколько это возможно - плюс вы можете быть в шатком положении до лицензионное соглашение выходит