Папка внешних зависимостей заполняется IntelliSense: содержимое папки вообще не влияет на сборку (вы можете фактически отключить папку в пользовательском интерфейсе).
Вы должны фактически включить заголовок (используя директиву #include), чтобы использовать его. В зависимости от того, что это за заголовок, вам также может понадобиться добавить содержащую его папку в свойство «Дополнительные включаемые каталоги», и вам может понадобиться добавить дополнительные библиотеки и папки библиотек в параметры компоновщика; Вы можете установить все это в свойствах проекта (щелкните проект правой кнопкой мыши, выберите «Свойства»). Вы должны сравнить свойства со строением проекта, чтобы определить, что вам нужно добавить.