Самый простой способ получить subversion для записи каталогов .svn в каждом каталоге - это понизить версию вашего subversion до версии 1.7. Subversion 1.6.23 была последней версией того поведения, которое вам нужно.
Другой способ добиться этого, который будет работать с Subversion 1.7 и более поздними версиями, - это индивидуально проверить каждый подкаталог вашего проекта. Например, если у вас был проект со структурой каталогов, такой как:
project
`- bin
`- etc
Вы можете проверить это, выполнив что-то вроде:
mkdir project
cd project
svn co svn+ssh://foo@bar.org/src/project/bin
svn co svn+ssh://foo@bar.org/src/project/etc
Это допустимо только в том случае, если у вас мало каталогов и их организация невелика.
В противном случае, лучшим вариантом будет переход на более раннюю версию Subversion.