Вы будете знать наверняка только при его сравнительном тестировании, но имейте в виду, что разработчики систем RDBMS уже позаботились о необходимых оптимизациях для перемещения данных в таблицы базы данных и из них, а MySQL имеет сильный APIPHP, поддерживающий транзакционные записи.
Я бы точно выбрал базу данных поверх простых файлов, но оценил бы вашу ситуацию.