Похоже, диалоговое окно повторно запускает теги скрипта в блоке кода, поэтому мое автозаполнение выполняется дважды.
Мое исправление заключалось в удалении тегов сценария в коде, с которым я вел диалог
$("#popup script").remove();
$("#popup").dialog({ ... });