В общем случае pdfwrite не знает, что вы добавляете файлы, поэтому сохраняет закладки и другую информацию «метаданных» при условии, что вы захотите получить ее в выводе.
Однако, когда вы комбинируете файлы PDF, сохранение информации не будет работать, так как номера страниц для второго и последующих файлов будут неправильными.
Так что вам нужен двухэтапный подход, сначала объедините все файлы, отбрасывая закладки, затем «конвертируйте» объединенный файл и добавьте pdfmarks, чтобы установить правильные закладки.
В настоящее время нет опции (с pdfwrite), чтобы не сохранять закладки.Я думаю, вам нужно изменить файлы PostScript интерпретатора Ghostscript PDF для достижения этой цели.Вы можете попробовать установить -dDOPDFMARKS = false, но я сомневаюсь, что это сработает.