Связать ваш проект с C # примерно так же рискованно, как привязать его к Windows, т.е. не очень.
Окна не исчезнут в одночасье, независимо от того, что произойдет, за исключением событий уровня исчезновения.
Кроме этого, трудно сказать, потому что это просто зависит от проекта, который вы разрабатываете. Вероятность того, что что-то разработано сейчас и не потребует абсолютно никакого обслуживания или модификации в течение следующих 10+ лет, ... удалена.
Но посмотрите на разницу между сейчас и 10 лет назад:
- Java была около 10 лет назад, но эти JDK (1.0 / 1.1) давно были EOLed, и эти приложения должны будут обновляться для работы на Java 5+ (текущий минимальный поддерживаемый JDK);
- Приложения, написанные на C / C ++ для Win32 API, вероятно, все еще в основном работают нормально, хотя Vista (и в меньшей степени 2000 / XP) действительно ломала некоторые вещи, которые прекрасно работали на Win95 / 98. Тем не менее, игры DOS той эпохи (например) обычно по-прежнему работают на эмуляторах;
- Perl все еще существует и все еще в версии 5;
- Есть некоторые приложения COBOL, которые работали в течение десятилетий, хотя вероятность того, что какое-либо из них прошло 10 лет без изменений, почти нулевая.
Так что я действительно не знаю, что вы ожидаете. Программное обеспечение - живая, дышащая вещь. Если вы его не кормите и не поддерживаете, он умирает. Вас должны беспокоить катастрофические изменения (например, если вы поставите ферму на успех BeOS, например), и все, что связано с Windows или Linux, будет просто замечательно. Java, .Net и Python все еще будут (я готов поспорить). Но потребуется осторожность.