Эту проблему, как правило, трудно решить, поэтому схемы XML для клиентов не должны меняться очень часто. Вы можете попробовать отключить проверку схемы, но если схема слишком сильно изменится, ваше клиентское приложение все равно будет взорвано.
Рекомендуемый корпоративный способ сделать это (в жаргоне: «слабая связь») - это создать отдельный слой объектов домена и отобразить между сгенерированными классами Java и объектами вашего домена. Вы просто обновляете сопоставления при изменении схемы, которая не должна слишком глубоко проникать в слои вашего приложения. Но вам все равно нужно перекомпилировать приложение каждый раз, когда меняется схема.