Вы можете хранить произвольные данные в каталоге установки вашего приложения (скорее всего, «Program Files» или «Program Files (x86)»), но для этого вам потребуются права администратора (что может очень раздражать пользователей,особенно если у них включен UAC).Если у вас есть права, дальнейших ограничений нет.
Подробнее см. поток Кен Уайт, связанный.