Какова ваша цель - иметь рабочий процесс с использованием только концовок Unix?
Как уже указывалось - в Netbeans нет никаких функций для преобразования одной строки, заканчивающейся в другую.
Новые файлы PHP, созданные в NetBeans (Файл> Новый файл> PHP), по умолчанию имеют окончание строк Unix.
Это на самом деле не дает вам функциональности, о которой вы спрашивали, но Netbeans будет учитывать окончания файлов существующих файлов и создавать новые файлы PHP с окончаниями строк Unix.