Tomcat - это просто контейнер сервлетов, в котором отсутствуют большинство функций WAS.Для любой функции, которую вам не хватает, вам нужно будет расширить функциональность tomcat, добавив такие вещи, как менеджеры транзакций, jpa, контейнер ejb, почтовый сервис ....
Таким образом, ваша задача может быть, а может и не сложна для выполнения.Это зависит от вашего приложения (это веб-приложение?) И ваших навыков Tomcat.
Если у вас большое приложение Java EE, и у вас нет опыта в этом, я бы порекомендовал изменить вашу цель и вместо этого нацелиться на JBossAS, Glassfish или какой-либо другой Java EE AS.