Изменения будут внесены только в том случае, если вы будете использовать HTML-шаблон «Flash с именованными якорями» для экспорта. Он использует вызов ExternalInterface для изменения адреса. Удалите эти строки со страницы HTML:
<script language="JavaScript">
function flashGetHref() { return location.href; }
function flashPutHref(href) { location.href = href; }
function flashGetTitle() { return document.title; }
function flashPutTitle(title) { document.title = title; }
</script>
плюс именованные якоря, вставленные в код HTML (<a name="...">
), и глубоких ссылок больше не будет - если только приложение не использует SWFAddress, который можно просто удалить из импорта JavaScript.