Работая в командной среде, я приобрел привычку хранить исходные тексты и ресурсы моего приложения в отдельном дереве каталогов, из моей рабочей области и настроек проекта.Например:
/home/workspaces/projectname
/home/sources/projectname
Я не знаю, является ли это именно вашей проблемой, но я думаю, что это может помочь предотвратить создание метаданных Eclipse с вашим кодом.