Во-первых, вам нужно понять разницу между окном и документом.Объект window является объектом на стороне клиента верхнего уровня.Там нет ничего выше оконного объекта.Javascript - это объектно-ориентированный язык.Вы начинаете с объекта и применяете методы к его свойствам или свойствам его групп объектов.Например, объект документа является объектом объекта окна.Чтобы изменить цвет фона документа, вы должны установить свойство документа bgcolor.
window.document.bgcolor = "red"
Чтобы ответить на ваш вопрос, нет разницы в конечном результате между окном и документом scrollTop.Оба будут выдавать один и тот же результат.
В общем, используйте документ в основном для регистрации событий и используйте окно для таких вещей, как scroll, scrollTop и resize.