J48 ожидает номинальный класс, и поэтому он отфильтровывается, если ваш класс числовой.
В этом случае вам следует запустить фильтр NumericToNominal на этапе предварительной обработки. Обратите внимание на указание индекса столбца класса, чтобы фильтр мог работать только на нем.