Когда я обновил старый сайт интрасети с 2.0 до 4.0, единственное, что сломалось, это Crystal Reports.
Сайт был среднего размера, и ничего не было обнаружено, что он был поврежден, с тех пор прошло около 3 месяцев, и пока ничего не сообщалось, так что все должно быть хорошо, если у вас нет сторонних библиотек, которые зависят от устаревший код в .net 2.0, который потребовал бы, чтобы у вас была дополнительная строка в web.config для доступа к устаревшему 2.0.
<startup useLegacyV2RuntimeActivationPolicy="true|false" >
</startup>