компетентный ответ ответил бы на вашу задачу с помощью Microsoft Ajax Minifier в задаче MSBuild. Ajax Minifier - это еще один инструмент минификации, который по сути делает то же самое, что и компрессор YUI. Его производительность и оптимизированные javascript и css очень сопоставимы с решением YUI.
Если вас особенно интересует опция YUI Compressor, проверьте http://yuicompressor.codeplex.com.. Это порт .net YUI Compressor, а также решение MSBuild Task.
И, наконец, я порекомендую свой собственный проект OSS, http://RequestReduce.com.. Он будет обрабатывать ваши css и javascript во время выполнения. Он кэширует их и обслуживает, используя заголовки с истекшим сроком давности и настроенные ETag. Кроме того, он может автоматически спрайт ваши фоновые изображения. Хорошая вещь об этом - то, что это не требует никакой конфигурации кодера для основной функциональности. Он может динамически находить ваши CSS и Javascript файлы.
RequestReduce действительно использует миниатюру ajax, но позволяет довольно легко подключить свой собственный минификатор. В вики на https://github.com/mwrock/RequestReduce/wiki есть пример кода для этого.