Вы говорите, что разработали приложение, которое заменяет экран входа в систему или автоматически запускается при входе через графический интерфейс?
Если он запускается из графического интерфейса - сеанс SSH должен позволить вам либо отредактировать пользовательские настройки, либо переименовать / переместить приложение, чтобы оно не запустилось в следующий раз.
Я работал над полноэкранным приложением для Mac MINI - я подключаюсь через SSH и получаю выход из приложения (скажите приложение «X», чтобы ВЫЙТИ), получаю последний источник из SVN, компилирую XCode из командной строки, скопируйте приложение в правильное местоположение, а затем запустите новое приложение.